檔案系統指的是整個目錄結構，我們上面提到，是從根目錄 (root) / 開始的。
一個檔案系統一般是指在一個物理設備上的任何檔案組織和目錄。這裏的「組織」指的是目錄層次的結構和其他所有關於檔案的有用的資料：檔案大小，誰有權對檔案進行改動，等等的資料。您的硬碟上可能有一個檔案系統，您的每個軟碟上也都有一個檔案系統。
「檔案系統」也可以指一個檔案系統的類型。比如 MS-DOS 和 Windows 3.1 用某種方式，某種規則組織它的檔案，像檔案名稱只能有 8 個字母及 3 個延伸字母，檔案沒有關於使用限制的資料。 Linux 稱這種檔案系統為 msdos 檔案系統。Linux 還有它自己的檔案系統：ext2 檔案系統（ext 檔案系統第二版）。除非您需要訪問其它作業系統或有特別的需要，一般來說，您主要使用的檔案系統就是 ext2 檔案系統。
使用任何一個物理設備，如果您要在它上面儲存檔案，則它上面必需要有一個檔案系統。這裏的檔案系統是上面第二種意思：一個目錄層次的結構和其他所有關於檔案的有用的資料。當然任何檔案系統都屬於某一個類型，所以第三個意思也有意義。如果您在一個設備裏有一個以上的檔案系統，那麼這些檔案系統可以是不同的類型的，例如，您可以在同一個硬碟上同時擁有一個 DOS 分區和一個 Linux 分區。